嘉庆九年三月，康基田奉调江西布政使，因路途遥远，数侄子尚在松江，需送京就养，便乞假于五月赴松接子。七月返京后，皇上朝见召对，训诲谆切。

嘉庆帝召见康基田后，复虑江南河道、漕运事关甚大，遂又改任康基田为江宁左布政使。他陛辞出京后，忽有徐州料贩武永靖，在京诬控康基田欠伊料价银。他又返京，与之在公堂对质，结果全虚。皇上朱批：“此人甚属狡诈。”武因诬告而抵罪入狱。

康基田抵任江宁左布政使后的第一件事，便是疏浚秦淮河。秦淮河原名龙藏浦，全长一百二十余里，流域面积二千六百平方公里，是南京地区主要河道，分为内河外河。内河在南京城中，是十里秦淮最繁华之地。其东部源头出自句容县宝华山，南部源头出至溧水县东庐山。两个源头在江宁地区的方山埭交汇，从东水关流入南京城，由东向西横贯全城，南部从西水关流出，注入长江。相传秦始皇东巡时，望金陵上空紫气升腾，以为王气，便下令凿方山，断长垅为渎，入于江。后人误认为此河是秦时所开，故称“秦淮。”明清时期，秦淮河成为名门望族聚居之地，两岸酒馆林立，画舫凌波，金粉楼台，浓酒笙歌，无数商船昼夜往来，浓装艳丽的歌女寄身其中，轻歌曼舞，丝竹飘渺，文人骚客流连忘返，故有“天生桥下胭脂河”之称。

康基田久居江宁，对秦淮河了如指掌，此次故地重来，见其年久失浚，流沙淤积，瓦砾占道，水流不畅，便奏请疏浚。他亲自筹项，委官集夫，将引河水入通济桥，自东而西，历文德、武定、淮饮虹、陡门诸桥，出西门之东水关，北入于江，掘去瓦石垢浊，限日工竣。又于西水关筑活坝一座，夏秋水发，盖坝而出。冬春水涸修坝，蓄后湖之水灌河，使不干浅。阅三月而工竣。他又雇浚船四只，夫八人捞浅，以善其后。从此，官民往来运行舳舻相望于道，贫民亦得资其生计，人咸称便。

是年十月，漕运回空粮船近万艘陆续返还于淮阴黄、淮、运三大河交汇地之清口，准备驶航山东。十八日，尚有三千余艘未渡黄，转瞬即将河冻。康基田深虑一旦河冻船阻，必误漕运，几百万石漕粮不抵京城，无粮必慌，事关重大。是日一早，他便急忙去找两江总督陈大文，请求速发令箭，饬启河南祥符闸引黄助淮济运。他径直至督府，未见陈督。这日却遇江南贡院举行武进士科考，陈大文已赴贡院监试。康基田又急奔贡院。时陈大文刚进贡院内场门，尚未封门，康基田见到陈大文，细述漕运船阻一事。陈大文亦很着重，即发六百里羽檄令箭，催启祥符闸门。次日午后，河南祥符水涌而至，五昼夜，三千艘空运漕船全出清口。船去未旬，河水结冰。康基田叹曰：“通塞在呼吸之间，机不可失。”然后，速闭祥符闸口，外加埽坝，滴水不漏，五道引河全未受淤，而济运未误。

康基田将秦河疏浚后，江浦、滁州、全椒、来安、六合五州县士民联名，于嘉庆十年正月，合词江宁布政使署，呈请疏治江浦县之朱家河。咸称：“五州县民庐、田土均居四山之中，夏秋雨骤，山水猛烈，民皆筑围保护。水涨，则合社男妇并力守围，一有决坏，良田顷刻变为江湖。欲治之，既俯仰无资，又无头领。吾等草民惟见朱家山支河分泄迅利，为拯饥救溺至捷之要道。吁请开凿宣泄。”

康基田接词后，便将江浦县令牛某召来询问。牛令云：他曾目击妇女襁负救水，围破时哭声满野，甚至有的负子弃入水中。康基田闻之恻然，乃亲往巡视。他见朱家山有滁河一道，横长二百余里，五州县之水皆由此入六合县瓜埠后归江。其地环滁皆山，山水湍急，居民各筑围护田。夏秋江水盛涨，并待泄于二百里外之瓜埠，迂缓不及，围田往往罹患。他又查，朱家山附近诸围地，高水下势如建瓴，宣泄迅利，乃定议兴筑挑河，由张家堡之煨罐桥入口，曲折迤里，至宣化桥出口入江。估挑四千七百余丈，深广随地所宜，掘河中置岭后。但工费事巨，艰难劳瘁，十倍于他役，又需银近万两。而民情踊跃，歌呼趋事。阅三月，工竣。惟滁河一线出两山间，山高壁耸，土皆胶泥，下掘则上倾，竭力捞挖成河。刚开放，滁水大至，冲塌中段，山崩入河，阻水不流。康基田复又集数县民夫至此，他亦驻工督办。自正月始，迄四月，事完竣。计前后费银七千余两。当初，五州县士民呈请民捐，他担心胥役借端滋扰闾阎，故未许之，乃从司署设法筹款，并与各县令商捐俸银，当月底银两全部筹措足够，将料款给付毕。其年，滁河通流，得资宣泄，五州县围田无恙，岁获丰收，百姓额手称庆，皆言“康藩司”治了一条害河。士民置匾，书“河神”二字赠送康基田。