康基田治理朱家山河工竣不久，即入已伏。适遇夏雨猛烈，洪湖水溢，位于山盱的义字坝、礼字坝、智字坝，三坝并开，水奔腾下注，高邮湖满溢入运河。是时，人字河、芒稻河填淤，入江路滞，当事者不得已启开南关、五里、昭关等坝，水放下河，致使高邮、宝应、泰州、兴化、东台、盐城等七州县，民田、庐舍多沉于水，有一幸存者举家八口倚农舟为命，泰州沿河停集四千余只漂流民舟，呼号满野。河督上奏，皇上闻知，轸念群黎，不惜数百万帑金，拯救饥溺。

救灾银两刚拨发，康基田奉命查勘抚恤。先购芦公式数万领，散给各船作棚蔽风雨，然后依次资其口食。居行有藉者，分道四散，各觅所依。他乃周历各乡。所过水深浅不一，茫无津涯，方舟难进调，小艇入至水深浪急处，风浪拥水入舟，转侧不定，屡遇惊骇，险覆波涛。他在摇摆之舟中，弥望居民庐舍，只见屋脊，不见屋身，余皆淹浸，触目怆怀，不觉泪涔涔下。康基田矢心加意赈恤，急筹长策。他当即禀明江南总督长麟，筹借商力，立时商贾慨助银十三万两。他又自请临工督办。

康基田在赈恤时查明，运河东岸宣泄洪湖之水，有归江归海二道。归海路迂三百余里，下河州县地形低洼，水未及海，沿途先遭漫没；归江之路五十余里，水高于江，建瓴直注，引之归江为便。但各闸坝下港淤久，河身被沙淤平，两岸逼窄。芒稻东西七空、三空、西闸三处口门填垫尤厚，近岸又被民人筑基，屋宇占尽。上游港水汇流处，盐船因水急难挽，又筑坝拦截，阻遏江潮，洄流拥沙停积甚厚。他便驾舟沿河勘估定议，遂于直端处浚深，大加辟展，委官分段承挑，亲驻仙女庙，往来督办。阅三月，芒稻东西四大河，邵伯十一港，凡遏塞浅阻处扫除净尽。又增开人字河东岸月河，以利盐船挽运。尽撤河头之坝。功成，下流悉皆通畅。时或以河运多事，未暇顾及布政司之事。总督长麟戏逗他“不务正业也。”

康基田笑曰：“谓急其所缓者。”

越年秋，淮水异涨高二丈余，仁、义、智三坝同时冲开，全淮河东注澎湃，莫可遏御。高邮诸湖已将盈满之水，悉由人字东、西四大河奔腾下江，淮安、扬州恙然无险。新任两江总督松筠临工目击，只见淮水畅流入江。接着，康基田令将南关、昭关、五里诸坝得以封土，严守不启。下河州县得以安澜无虞。他总结此次治河经验教训时曰：“事固有成功于数年前，而收效于数年后者。国计民生，孰大于此。余惟亲见黎民沉溺之苦，身经荡舟之险，知水之必当分泄于江。知四河之开，终得其用。故竭力为之，而弗顾讵敢急其所缓哉！

嘉庆十一年四月，康基田陪同新任两江总督铁保，巡历上述几处河工后，对康基田的治河业绩极佩服，当即向皇上奏疏，言称：“人字、芒稻等河归江之路，经藩司康基田亲驻河干，不辞劳瘁，督办竣工。臣亲往察看各河，高下形势建瓴甚为顺利，乡民耆老亦称此次挑竣之后，扬郡一带可保无虞。惟人字河头溜势稍急，盐船经过，挽运维艰。据查人字河北岸有月河一道，盐船由此行走较为稳便，亦经该司委员挑通，以裨运务。又将高宝西岸通湖支港大小新河及秋鱼等十一港归江要路一并疏浚深通，以畅其流。”

就在两江总督铁保上疏后的五月，由江西广信运载铜铅船只行至淮阴之清口后，因汛水未至，水浅不浮而阻滞，连日不发，京都铸钱局急等不至，皇上究查。康基田身为江宁藩司，又久兼江南河务，亦有“督催延误失职”之责，部议降二级，却因康基田是正二品而无级可抵，吏部无策，他便上疏自请革职。嘉庆帝御览后恩免，以“六部郎中用”，但尚令其分赔帑银五万两。至此，康基田已先后五次分赔、摊赔、代赔帑银逾三十多万两。而这些帑银，他仅筹措十万余两，尚有二十余万两无从筹措，只好逐年从俸禄中扣除。他卒后，仍由子亮钧逐年偿还。