康熙十九年（公元1680年）初，巡抚吴兴祚即将率兵南征。于成龙向吴兴祚上了一封《上吴抚台论闽疆事宜》，建议未雨绸缪，稳定后方。这也是于成龙的一贯作风，喜欢关心全局，为上级出谋划策。其主要内容如下：

一、省城福州是根本之地，要防止叛乱发生。逃兵、匿寇、贫民，这都是福州一带的不稳定因素，于成龙建议吴兴祚在出征前，先处决林鼎、陈德枫两宗叛乱案中的在押罪犯，震慑一下，稳定人心。

二、延平、建宁、邵武等府是福建的上游地区，也是通商运粮的交通要道。近来山寇作乱，很多地方都受到荼毒。江纪、杨一豹等山寇首领，以准备投诚为诱饵，麻痹官兵，继续焚掠百姓。于成龙建议吴兴祚增兵设防，防止酿成大乱。

三、后方各营士兵缺乏训练，只知道迎来送往、放哨站岗、消耗粮饷，并没有真正的战斗力。于成龙建议吴兴柞尽早安排练兵事宜。

于成龙是留守省城的最高官员，为巡抚分忧解难也是分内之事。在他的谋划和吴兴祚的妥善安排之下，福建省内没有发生大的叛乱，局势大体稳定。不久，吴兴祚的南征也取得了些战果。