单骑招抚
接着，于成龙把注意力转移到率兵据守山寨的刘启祯父子身上。这也是他一生最光彩的事迹。
于成龙认为，如果迅速招抚，刘启祯还有可能改变主意，稍迟数日，各处的起义军合兵一处，势力大增，刘启祯就不会甘心受抚了。
五月二十七日，于成龙先派白杲镇的一名乡约拿着自己的亲笔书信去见刘启祯。他在信中说明了朝廷的招抚政策，告诉刘启祯只要率部投降，不但不会杀他，还会特别重用他。
于成龙估计乡约已经抵达山寨，自己便骑了一匹黑骡，带了两名随从，一人打伞盖，一人敲锣，缓缓地向山寨进发。在距离山寨还有二里地的时候，于成龙命令随从敲锣喊话，声称：“太守来救尔山中人！”
刘启祯曾经做过于成龙的差役，对于成龙十分敬畏。听说于成龙亲自来了，他吓得不敢见面，仓惶躲到了后山，却命令手下的士兵们，手持火铳，列队相迎，恐吓于成龙。
于成龙极有胆略，根本不怕这种场面。到了山寨前，大声喊叫开门。很多士兵都认识于大人，又看见没有带兵，只好开门请于大人进寨。于成龙进了寨，下了骡，坐到刘启祯的大厅里，很随便地询问：“君孚老奴到哪里去了？怎么不出来见我？”士兵们很尴尬地声称，刘启祯外出，过一会儿才能回来。那些认识于成龙的士兵，很不好意思地过来拜见，其他的人，也只好跟着礼拜，就好像迎接长官一样。
于成龙先不提起兵造反的事，只很关心地询问山中的雨水和庄稼，询问他们的家庭生计，就像以前劝农时的问话一样。大家只好顺着于大人的问话来回答。提起雨水和收成，大家自然联想起了平时的太平生活，想起了妻子儿女欢聚一堂的场面。刘启祯的军心散了。
于成龙拉着家常话询问了几句，又喊叫着天气太热，渴了，要士兵拿水给他喝。又解开衣服，脱了靴子，摇起扇子，躺到刘启祯的床榻上呼呼大睡起来。睡足了一个午觉，醒来后又问：“君孚老奴，怎么这么久还不回来？客人来了，难道连酒饭都不准备吗？”
刘启祯一直藏在附近，到这时候，不得不出来相见。于成龙轻描淡写地批评了他几句，说官府刑讯逼供这么一点小冤屈，哪值得起兵造反，自取灭亡？现在朝廷政策很宽大，只要率部投降，造反的事情就可以一笔勾销，朝廷还会另有重用，绝不亏待。
刘启祯很久以来就有反清复明的理想，绝不可能被于成龙几句话就说得改变主意。但是，他这次仓促起义，根本没有做好准备。于成龙的招抚政策一出，民心涣散，军心涣散，再要硬撑着，也不会有好下场。他考虑再三，只好表面上暂时答应于成龙，约定六月三日率部投降。究其本意，是想另寻良机，再行举事。
叛乱初平
到六月三日，刘启祯果然率领几千人，打着一面“倾心向化”旗帜，到白杲镇向于成龙投降。
于成龙很高兴，又根据事先和张朝珍商量好的计策，命令刘启祯去劝谕招抚其他起义军，并郑重承诺，事成之后，朝廷封刘启祯为“戎旗守备”（正五品的武职官员）。
刘启祯虽然狡猾，却不知道于成龙早有成算。他假意答应，拿着于成龙的告示去各部招抚，实际上是劝说各部暂时诈降，另图起义机会。
六月七日，经过刘启祯劝谕的程镇邦、鲍洪功、陈恢恢、李公茂等人，各率部属来到白杲镇，向于成龙献了一面“安家乐业”旗，表示归顺。
于成龙命令他们到黄州城拜见分巡道徐惺，领取封赏的衣冠。之后，命景可贤护送程镇邦河泊所官到省城拜见张朝珍，又命李公茂跟随徐惺赴省城，接受任命。其他的起义军首领，也被合理地安插和约束。
起义军各部之中，只有邹君升一部，态度坚决，拒不接受招抚。但轰轰烈烈的东山起义，就这样被于成龙用和平手段瓦解掉了。
于成龙单骑招抚刘启祯，是一件很精彩的故事，也像一场精彩的戏剧，被载入了史册。但是，因为清廷各级官员，不愿意把此事当成“反清复明”大案，“刘启祯”的名字太过敏感，在各种文件中就被悄悄改成了“刘君孚”。
训练乡勇
黄州的局势初步稳定，于成龙不敢大意，立即着手处理善后事宜。
他一向爱民如子，办事又周密细致，对曾经参加起义又接受招抚的众多百姓，百般保护安抚，不许各级官吏及劣绅借机讹诈他们。同时，又拿出自己用惯了的“保甲法”，在黄州各地分区编制保甲，训练乡勇。
于成龙训练的这些乡勇，都有武功，拥有刀枪弓箭等冷兵器和鸟枪火铳等火器。以区为单位，每区设一“区长”。遇到战争警报，乡勇要立即集合待命；发现可疑之人，要立即向上汇报并驱逐之；包庇窝藏奸细要论罪。
因为于成龙在黄州享有崇高的威望，原来那些秘密组织里的大部分精兵强将，此时都愿意归附，做于成龙治下的良民和乡勇，唯于成龙“马首是瞻”。
换句话说，于成龙等于是在“蕲黄四十八寨”的组织之外，建立起一个有官府背景的归于成龙自己领导的大型“山寨联盟”组织。有了这个大组织，其他不肯归附的山寨组织，也就不足为虑了。
平白受气
于成龙正在辛辛苦苦办理这些事情的时候，却平白地受了一场恶气。
一支清军南下参战，路经麻城。百姓们平时就害怕这些扰民的官兵，一有风声，立即逃跑。于成龙是官员，当然不能跑，老老实实地等着清军的到来。领兵的将军见了于成龙，大言不惭地说是因为自己的大兵到来，才使刘启祯等叛乱者望风披靡、接受招抚的。还说：“哪里有贼？让我去杀！”
于成龙气愤地反驳：“大军到来之前，叛军就已经受抚了，怎么能说是和大军经过有关系呢？既然已经受抚了，为什么还要杀他们呢？”
将军见于成龙居然敢顶嘴，便讽刺道：“看你的样子挺有本事嘛！为什么不带兵杀吴三桂去？”
于成龙也不示弱：“我以前虽然没有带过兵，但是也收复过蒲圻城。”
将军说：“我可不想和你争功。”
于成龙说：“给朝廷办事，还能说什么功劳呢？”
将军问了问于成龙的姓名籍贯，然后带着怒气扬长而去。于成龙也忿忿不平，写信给张朝珍要求辞官。张朝珍回信安抚了一通，要他继续干下去。
于成龙并不是小心眼，假如真的让那位将军带兵去杀贼，刚被瓦解分化的“蕲黄四十八寨”势力，立即就会重新团结起来，爆发新的叛乱，张朝珍和于成龙的全盘计划，也就彻底被打乱了。
不久，朝廷重新任命于成龙为武昌知府，算是对于成龙的奖励。
而暂时诈降的刘启祯，这时候也受了一场恶气。他自己投降于成龙不说，还劝谕招抚了其他几股势力一起投降，这就引起了另外一些山寨组织的严重不满，大家觉得他真的是“叛变”了。有人就在已经归降的组织中挑拨离间，还有人派刺客来暗杀刘启祯。挑拨离间产生了效果，有一部分人开始动摇，后来真的又举旗造反。暗杀则没有成功，但让刘启祯心生疑虑，与山寨势力产生了矛盾，以后只能更加依赖、支持于成龙了。
全力进剿
七月初，于成龙的善后工作已经初见成效，准备回武昌复命。没想到这个月九日，黄冈县李家集忽然爆发了以方公孝为首的逃仆叛乱，黄州的形势又严峻起来。隐藏在刘启祯家的黄金龙，这时候与刘启祯产生矛盾，逃到黄麻交界纸棚河的邹君升处，鼓动邹君升起兵造反，方公孝也很快聚集到邹君升处，双方合兵起事。（邹君升，在某些资料中写为“邹君申”。）
于成龙一看形势有变，不能再回武昌了，立即组织防守和进攻。说实话，黄金龙、邹君升、方公孝的这次起义，时机很不对，但正好让于成龙检阅了一下自己编制保甲、训练乡勇的实际效果，可以说是撞在了枪口上。
二十二日，于成龙带领一批生员、绅士赶到距离邹君升山寨。二十里远的望花山，与刘启祯等人研究对策。各处的官员、区长、乡勇、生员、绅士等等，在于成龙的号召下，纷纷赶赴望花山，配合于成龙的行动。大家的意见一致，这次应该全力进剿。心怀怨愤的刘启祯，也坚决主张进剿，他认定刺杀他的刺客就是邹君升派来的。
于成龙认为，黄金龙和邹君升这次仓促起兵，并没有准备充足的军粮，支持不了几天，与其立即进剿，不如三面设围，一面设伏，将对手困住，然后相机剿杀。
根据记载，于成龙这次剿匪的阵容十分强大。黄冈知县李经政、麻城知县屈振奇闻讯赶来，都被于成龙打发回去，办理日常公务。剿匪战斗，全部用当地的士绅和乡勇。原起义军首领之一的程振邦，这次给于成龙进献了一份地形图，使于成龙得以周密布置。这次战斗连庙里的和尚都参加了。于成龙的威望和动员能力，于此可见一斑。
轻松取胜
七月二十五日，战斗正式打响。很快，王方远就抓获了方公孝，于成龙下令斩首。
这天，于成龙还接到朝廷命令，改任黄州知府，这个好消息也令军心大振。
二十六日，投诚官李懋官杀伤了一部分叛军，向于成龙报功。
二十七日，大批乡勇赶到，参加战斗，把邹君升赶到了油河。
二十八日，各处乡勇继续战斗，杀敌无数。
二十九日，黄金龙等二十人绝粮，逃往马鞍山，中了伏击，全数被擒。另有沈润成、杨克利等二十多人被斩。当天晚上，乡勇们把黄金龙押解到望花山，于成龙下令将其立即斩首。
这里还有一个有趣的传说。据说黄金龙会法术，在斩首时想施法逃脱。没想到于成龙也会法术，拔剑朝黄金龙一指，怒喝一声，黄金龙的法术就失灵了，只好乖乖地授首。这个故事，应该是当地人对于成龙的神化。
八月一日，夏仲昆等人生擒邹君升于项家庙，斩首四十余。其他乡勇四面进攻，杀敌无数，战争进入了尾声。邹君升被擒后也被斩首，首级解往武昌报功。
八月二日，于成龙下令不许再杀一人，允许剩余的起义军投诚。“逃仆”仍归主人所有，“游勇”仍回军营当兵，附逆百姓都既往不咎。其他善后事宜，于成龙都一一周密布置，务使百姓真正安心。
大功告成
这场平叛战争，前后只用了六天，而且没有动用官军，全是地方武装，确实是很了不起。
捷报传到武昌，巡抚张朝珍长长地出了一口气。他举起捷报向官员们说：“你们都说我不该重用醉汉，现在怎么样？”史书原文为：“人谓我不当用醉汉，今定何如？”
战争平息后，于成龙也没有忘了刘启祯。他用了一条比较“毒辣”的计策，自己捐出俸银，典卖衣服，凑足了一百两白银，当众重赏刘启祯。并且公开宣扬，这次能够生擒黄金龙和邹君升，全是刘启祯的妙计，全靠刘启祯的大力支持。
刘启祯的亲信们，都以为他全心全意地投靠了朝廷，再也没有反清复明的理想了。于成龙另外还用了一些离间之计，在刘启祯的亲友之间制造隔阂，搞得刘启祯众叛亲离，以后再也不可能做起义军的领袖了。几年之后，刘启祯郁郁而终。
康熙十三年冬天黄州发生的又一次大叛乱，让于成龙面临了更大的考验，也建立了更大的功业。他亲自上阵，以少胜多，可以说是一战成名。