军需烦恼
第一次东山叛乱被平定后，于成龙毫无喘息的机会。
他于八月六日赶到武昌，向巡抚张朝珍交差，同时接受新的军需供给任务。八月十日离开武昌，十一日到达黄州，正式上任黄州知府。军需工作异常繁重，日常公文又堆积如山。年迈体衰的于成龙连夜办公，于十二日夜里大量吐血，重病了一场。
这里，我们简要交代一下当时的军需事务。办理军需朝廷是拨给经费的，但预算价格等不可能完全合理，有些物资需要采买，有些则需要制造，数量、质量、期限都有严格规定。于成龙这次领回来的军需任务，有一百万捆草料，还有马槽、铡刀、饭锅等。旧的任务没有完成，新的任务很快又布置下来，真是千头万绪，令人焦急万分。清朝又是官僚主义严重的时代，朝廷事事都会发命令，下级事事都要向上级汇报，各种公文像雪片一样在驿路上穿梭，稍一疏忽，稍一繁忙，官府里的未决公文就会积压如山。
在这些日子里，于成龙好几次急得想找根柱子一头碰死，生病吐血也是在所难免了。
大乱再起
黄金龙、邹君升的叛乱平定之后，东山的局势仍然是暗流汹涌。
八月二日，于成龙就接到谍报，罗山大盗周铁爪潜入白水畈，聚集多人，正在密谋起事。不久，黄冈县的乡约熊世忠又报，永宁乡一带叛乱蠢蠢欲动。于成龙这时刚刚解散了乡勇，也不好再作计较，只能暂时隐忍。
十月，吴三桂大军在江西进攻湖口，散兵劫掠兴宁，已经很接近湖北。清军在黄州府下属的蕲州一带增兵戒严，准备应敌。吴三桂在进兵的同时，又发动了新一轮的政治攻势，在湖北各地散布“伪札”，鼓动汉族百姓起兵策应自己，湖北境内便又开始了新一轮的动乱。
十月中旬，陈鼎业纠合逃兵，抢夺驿马，在阳逻一带起兵；十月二十九日，何士荣纠合黄寅生等人，在黄冈县永宁乡起兵；同日，刘启业在石陂起兵；十一月一日，周铁爪、鲍世荣（鲍洪功）、李公茂、陈顿彻（陈恢恢）、王子之等人，在麻城白水畈起兵。另外，还有广西将军孙延龄的族人“孙将军”、万野予等人，也率部潜入，与周铁爪联合。这几支叛军各有数千人，加起来则有数万之多，对外号称十万。他们奉何士荣为盟主，计划于十一月上旬，合兵攻打黄州城，然后进攻武昌、汉阳。
临危定计
根据史书记载，当时黄州的情况是：高山大湖，烽火相望，城门皆昼闭，墟里寂无人。各镇援兵悉随大军进攻湖南，黄州余吏与兵民才数百人，至不能备阍柝。议者争欲弃黄州，退保麻城。
于成龙只是一介文官，并不是久经沙场的老将军。他事先知道黄州会发生叛乱，内心也十分紧张，经常是惶惶不可终日，不知道自己治下的这些老百姓，什么时候全变成起兵造反的仇人。等到叛乱真正发生了，敌人已经呈现出眉目，官吏们商量着放弃黄州、退保麻城的时候，于成龙却不再害怕了。因为他发现，敌军虽然有数万人，但自己精心培养训练的乡勇队伍，大部分都还安静地待在家里，并没有倒向敌人。
他冷静地向大家分析：黄州为湖北七郡门户，我师屯荆、岳者数十万，水陆转运取道于此。且濒江而城，控制阻险，前倚兴宁庐阜，后压天堂、金刚诸寨，实东南关键。东山为黄左臂，释此不守，则无东山；无东山，则无黄；无黄，则无襄、汉；斯荆、岳有狼顾之虞，七郡成瓦解之势，江北危矣——所系非仅一城已也。
也就是说，这场战争的战略意义非常重大，如果叛军取胜，不仅是黄州失守，湖北危急，清军的粮草援兵运输线路也会被切断，战场局势就会完全改变，清廷也会更加被动。
他又说：“我身为知府，誓死不能离开黄州。但是，我们与其困坐在城里等敌人来进攻，不如主动出击，或者可以侥幸成功。敌军虽然人数众多，但他们奉何士荣为盟主，一切行动都听何士荣的。如果我们能够一战击败何士荣，别处的敌人就可以不战而下了。”
战前动员
于成龙派快马到武昌，请求巡抚张朝珍派兵增援黄州。张朝珍命令于成龙带一部分兵力出城剿匪，分巡道徐惺负责守城。黄州城里的百姓们都逃跑了，留下来的官吏兵民一共才几百人，几乎无兵可用。张朝珍派了两支正规军来增援，但数量奇少。于成龙能用的兵马，主要还是各区的乡勇、绅士、生员，另外还有刘启祯等几股投诚的民间武装。
十一月四日，把总吴之兰带领五十名官兵从蕲州赶到，驻扎在段家店；五日，千总李茂升带领五十名骑兵赶到黄州。于成龙和徐惺命令黄冈知县李经政带领生员曹从仁，征调一部分乡勇，自备粮饷，攻打阳逻的陈鼎业叛军。这支队伍于八日取得成功，擒斩陈鼎业父子，平息了阳逻局势。
于成龙自己则于十一月五日，率领千总李茂升、把总吴之兰、罗登云、齐安驿丞李德、候选千总刘先定、武举张尚圣等人，连同生员、吏卒共22人离开黄州，前去征剿何士荣。他一边走，一边派快马征调动员各处乡勇，并命令刘启祯率部进驻土皮冲、梅钿率部进驻八叠山、郑丹率部进驻平头山、童贵卿率部防守东义洲、萧有至（萧二至）率部防守罗田界、田公式伯率部堵截黄冈庙。
于成龙亲自撰写了多篇檄文，文辞慷慨激昂，真诚感人，号召各区乡勇行动起来，保卫自己的太平生活。要求各区精选武艺高强的青壮年乡勇，佩带锋利武器，有火铳鸟枪的人家，一律持铳持枪上阵。另外，于成龙制定了一系列实惠政策，他给乡勇们发放误工费，有火铳鸟枪的还会多发一些。先统一发放三天的费用，然后计日发放。这样，就刺激了各区乡勇的积极性，他们本来是“义勇军”，现在又变成了挣工钱的“雇佣军”。很快，于成龙身边就聚集了2000多名精壮乡勇。队伍齐整，纪律严明，和正规军没有什么差别。
何士荣起兵后，占据黄土坳，扎营西山。为了准备粮草物资，他们在附近抢劫焚烧了一些人家，民心尽失。于成龙闻讯后，派把总罗登云和武举张尚圣带领一队人马做前锋，试探何士荣的虚实，自己率大军缓缓前进。
十一月七日，罗登云、吴之兰、张尚圣与何士荣的小股叛军相遇，交战一场，何士荣败退，藏入山寨，乡勇们缴获了很多兵器，初战告捷。
于成龙闻讯后，加速前进，抵达张尚圣的大营。乡勇们见于成龙来了，都激动得上前讨赏，于成龙没带银子，只能作精神鼓励，拍拍这个人的肩膀，摸摸那个人的头，说了很多激励人心的话，提振士气。
不久，各处乡勇纷纷赶到箔金寨，于成龙的兵力达到了5000余人。
一场苦战
十一月八日黎明，大战开始。
何士荣率数万人，从牧马寨出发，分东西两路，向于成龙驻扎的箔金寨进攻。叛军手持杂色红旗，漫山遍野而来，声势十分浩大。
于成龙身穿旧戎衣，手持宝剑，骑战马，站在营门口，亲自上阵，十分威武。他见东路敌军较少，就派罗登云带领1000多人攻东路，自己率大军攻西路。在西路主战场，又形成了吴之兰攻东路，张尚圣攻西路，于成龙和李茂升攻中路的态势。
战斗刚一开始，官军把总吴之兰就中弹身亡。叛军火力密集，枪炮声像爆豆一样，官军和乡勇纷纷败退。于成龙也遭战火重创，大家劝于成龙暂时后撤，于成龙知道此时一退，必败无疑，就大声说： ...
今吾死日也，敢言撤退者立斩！
但官军乡勇仍然抵挡不住密集的炮火，继续后撤。箔金寨附近的山民平时就支持何士荣，此时见官军败退，纷纷拿出小红旗，呐喊助威。
看起来，敌众我寡，官军乡勇败局已定。
于成龙拨转马头，向李茂升大喊一声：
我死，汝归报巡抚！
然后就纵马杀入敌阵。
李茂升是武官，哪敢让文官于成龙去拼命送死？焦急之中，他张弓搭箭，一箭射倒了敌军的大旗。然后，他又奋不顾身地杀过去保护于成龙。官军乡勇在于成龙和李茂升的激励下，又奋起勇气，努力杀回去。何士荣叛军见大旗已倒，攻势也弱了下来。李茂升在这次战斗中表现得极为英勇，他的战马被射死，自己身受重伤，身上的铠甲都被枪弹打穿了，仍然挥刀步战，砍杀多名敌兵，夺了一匹马，继续战斗。
张尚圣率领的一支人马，从右山绕到敌后，成功地将敌人包围，战场的形势立即全面改观。经过一番激战，何士荣大军终于溃败。官军乘胜追击，翻山越岭，连追了数十里才罢休。
何士荣也是一员勇将，他手持长矛，亲自断后。右臂被砍断，却仍然在力战。最后陷在泥中，被官军擒获。
这场战斗，打得极为惨烈。官军斩首数千人，缴获器械无数。尸体堆满了山谷，鲜血染红了溪水。
于成龙在此战中，创造了“手刃四十八人”的战绩。作为一名年老多病的文官，于成龙上阵之后能有这个战绩，充分说明他从小练过武功，并且有实战经验，文武全才。另外，他在关键时刻敢闯入敌阵，这和武功没有关系，主要还是一种勇气，一种大无畏的精神，一种慷慨赴死的精神。战场上枪弹无眼，于成龙能够活下来完全是侥幸。
官军进入何士荣的山寨后，缴获了何士荣的“伪札”，还搜出了何士荣密谋起义的名册。于成龙是熟读《三国演义》的，知道这份名册牵连太广，不利于稳定人心，就当众烧毁了名册。