请禁讦告
于成龙的一系列“新政”，在直隶官场引起巨大的震动。处于中层的道台、知府，根据于成龙的命令，调查下属州县官员的违法乱纪问题，向于成龙举报，于成龙再根据举报情况，调查落实，然后选择少数罪大恶极的官员，向朝廷特疏参劾，革职查办。从于成龙这方面讲，仍是心存仁慈，“杀一儆百”，只处理少数人，而警告、教育大多数人，给大家一个洗心革面、改过自新的机会，并没有一个一个地彻底查办，全面肃清贪官污吏。
但是，正所谓“冰冻三尺，非一日之寒”，官场腐败不是一天两天的事，也不是一人两人的事。负责调查举报的中层官员，长期与州县官员沆瀣一气，有很多非法的来往和勾结。如今，这些人没有受到参劾查办，反而帮着于成龙整治下级，众多州县官员自然是心里不服。一有机会，他们就要实施“反噬”。
在前任直隶巡抚金世德的时候，就发生过任县知县施埏宝控告大名道范永茂和顺德知府段作霖、广平知县夏显煜控告大名道范永茂和署理广平府事河间府同知周从谦的两宗事件。施埏宝和夏显煜都有严重的贪污行为，被举报后反咬一口，把自己的上级给告下了。其他官员从这两起事件中，无疑学到了保护自己的宝贵经验。
于成龙查处劣员时，永清县知县万一月公式被霸昌道沈志礼举报，他怀恨在心，搜集到沈志礼贪污腐败的证据，向上举报。于成龙接报后，只得命令守巡两道依法调查沈志礼的问题。
过了不久，献县知县乔国栋又绕开守巡两道，直接把举报信送到巡抚衙门，控告河间府知府徐可先和同知周从谦。信中说，因为巡抚严禁“火耗”，严禁馈送礼品，自己手头无钱，没有按惯例给上级馈送中秋节礼，知府和同知便挟恨报复，借鲁道村崔成失窃一案，“捏诬献县”。又拿别人的粮票，冤枉献县知县。另外，乔国栋还举报了徐可先和周从谦康熙十六年、十七年的几宗违法事件。于成龙接报后，无可奈何，只得命令守巡两道再去调查徐可先和周从谦的问题。
让于成龙恼火的是，如果这种风气一开，各位中层官员就无法正常工作了。你一举报下级，下级就反咬你，一咬就成功。那么大家投鼠忌器，谁也不敢执行公务了。于成龙左思右想，觉得下级讦告上级，这绝不是小事，会败坏一个地方的风气。他就向朝廷上了《请禁讦告以正名义疏》，提出上下级之间的名义和体统问题，要求朝廷拿出解决办法。他认为，道台和知府犯法，应该由巡抚来调查处理，州县官员绝不能以下犯上，举报自己的上级。以前他在广西时，曾经向巡抚金光祖上书，讨论过民告官的上下体统问题。他一直主张维护体统。
在这份奏疏中，于成龙询问，如果巡抚不查处道、府官员的违法问题，应如何处理巡抚？对“反噬挟制”上级的下级官员，又该如何处理？
吏部接到于成龙的奏疏后，认真研究对策。朝廷有明文规定：“道、府不法，督、抚姑容不行题参者，降三级调用。”第一个问题有章可循，不用研究。至于对“反噬挟制”的官员如何处理，朝廷以前没有规定，吏部援引“京察大计”中的成例，认为对这类举报，应该不予受理，举报人有官职的革职，已革职的交与刑部议罪。
康熙皇帝阅读了于成龙的奏疏和吏部的批复意见后，下旨“依议”，将这条新规定下发全国各省，一体遵行。后世有人评论说，于成龙的这份奏疏“在吏治史上又谱写了新的一页”。
其实，康熙皇帝和吏部，并没有完全同意于成龙的意见，没有完全禁止下级控告上级这种颠倒名分体统的事情。禁止的只是“反噬挟制”，也就是上级查处过下级之后，下级再控告上级的现象。
破格赈灾
于成龙到直隶上任的时候，直隶已经是灾荒遍地。他在开展各项新政的同时，仍把主要精力放在了赈灾大事上。
清朝政府在赈灾方面，有一套严密的制度和程序，先由地方官调查灾荒程度，汇报到省里。省里进行一番查实，然后上报朝廷，户部请旨复查，确定灾情后，最后才发布命令，根据灾情程度，部分减免或者全部蠲免赋税，缓征赋税，平价粜粮，灾情最严才会无偿地发放粮米。这么做的目的，无非是防止地方各级官员虚报灾情，从中贪污，让朝廷蒙受损失，而百姓得不到实惠。但对饥肠辘辘的广大灾民来说，朝廷的办事节奏实在是太慢了。于成龙在直隶的赈灾活动中，敢作敢为，先赈后奏，绕开了原有的一些程序。康熙皇帝出于对于成龙的高度信任，不但不加责怪，反而大力支持。他们君臣同心同德，为直隶的灾区百姓，办了不少大好事。
康熙十九年十月，于成龙上疏声称，直隶宣府所属东西二城和怀安、蔚州二卫，有一千八百多顷耕地，被水冲沙压，已经无法耕种。前任巡抚金世德曾经请求蠲免赋税，朝廷没有批准，当地百姓要包赔历年所欠的赋税。自己上任后再次勘查，发现冲压情况更加严重，根本无法再度耕种。他说，虽然连年征战，国家财政困难，但这部分土地，每年征粮不过三千余石，征银不过一千余两，对朝廷来说只是个小数目，对几千户贫民来说却是生死攸关的大事，请求朝廷豁免钱粮。康熙皇帝按程序让户部派人复查，确认无误后，下令从康熙二十年起豁免钱粮。
不久，于成龙又上报宣府所属东、西二城和万全左右前卫、怀安、蔚州、保安、紫沟、西阳等处的夏灾与秋灾，朝廷下令缓征赋税，并平价出售官仓中积储的陈粮，救济百姓。这道命令刚开始实施，宣府通判陈天栋就向于成龙报告，宣府东西二城在最近二十多天内，已经饿死了数十名百姓，还有大量百姓处在饿死的边缘。于成龙接报后，认为情况紧急，如果按制度上报朝廷请求赈济，批准下来得一个月左右，不知又要饿死多少百姓。他当机立断，派保定府同知何玉如火速赶往灾区，免费向无力购买粮食的贫民发放仓粮，每人给二斗，以解燃眉之急。同时向朝廷上疏说明情况：
伏思平粜粮石，止救稍能措籴之民，而不能救囊无一钱、僵卧待毙之民。即再疏请赈，候部议覆，奉旨允行，亦须一月。此一月之内，民之饥死者又不知凡几矣！
并说自己“仰体皇上惠爱元元至意”，已经开始行动了。康熙皇帝接奏报后，和户部商议，同意了于成龙的应急办法，并没有追究他违反制度的过失。从做官的角度讲，于成龙这次的行为也算是十分冒险。
康熙二十年（公元1681年），康熙皇帝派户部员外郎叶纶到直隶，和于成龙一起赶往宣府赈济各地灾民，并下令“蠲免本年额征、积年带征钱粮及房税”，大规模救济宣府一带的灾民。到了七月，于成龙又向皇帝上疏，说真定府下属的获鹿、井陉、曲阳、平山、灵寿五县，发生了旱灾，二麦无收，请求将房税银两缓至来年征收，康熙皇帝和户部商议后也同意了。这里提到的“房税”，是康熙皇帝为了解决军饷问题，临时加征的物业税，天下百姓临街的门面房，每间每年征银二钱。
康熙二十年九月，康熙皇帝巡行到直隶霸州等地，亲自察看民间的灾情，下诏说：“朕巡行近畿至霸州，见其田亩洼下，多遭水患。小民生计维艰，何以供给正赋？著察明酌量蠲免。”这些地方本来已经减免了部分赋税，于成龙见皇上有特旨，就上疏请求“破格全蠲”，皇上立即答应了。
在这两年的赈灾过程中，于成龙还号召各级官员和民间富户慷慨解囊，捐银捐米。由于赈济措施得力，直隶数十万贫苦百姓转危为安，度过了荒年，没有发生大规模的饿死事件。
只是，少数贪官污吏仍然手痒难耐，利用赈灾中饱私囊。青县知县赵履谦就顶风作案，不但违规收取了三千多两“火耗”银，又把一千两赈灾银装进了腰包。这还不算，他借口制作报灾文册，向民间摊派银两，把这些钱也贪污了。于成龙了解情况后，认为对这种人绝不能手软，立即上疏参劾，将赵履谦革职问罪。
根据现存文献，于成龙担任封疆大吏后，真正参劾过的，只有这个赵履谦。
于成龙刚到直隶时，就请求陛见，皇帝没有答应。但于成龙做了巡抚后，有权力向皇帝上疏，君臣二人就有了直接的文字之交。
于成龙报灾请赈的奏疏，皇帝批准的较多，其他方面的奏疏，皇帝有准有驳，申请增加驿站工料的奏疏，几乎全被驳回了。在这种公文交往中，于成龙领略到康熙皇帝一代明君的风范，康熙皇帝对于成龙的忠君爱民、勤政廉洁，乃至其他优点缺点，也都有了更多的了解。
入宫陛见
康熙二十年（公元1681年）正月，于成龙接到工部的命令，要他挑选一万零八百四十名夫役，赶到京郊沙河，将已故的孝诚皇后赫舍里氏、孝昭皇后钮祜禄氏的梓宫，迎请到皇陵安葬。用白话说，就是替康熙皇帝的两位亡妻抬棺材下葬。命令中说，于成龙必须亲率夫役，于二月六日赶到沙河。
这是一宗责任重大但相对轻松的差事。于成龙再次上疏，请求在赴役途中入京陛见皇帝。这次，康熙皇帝一口答应了。
二月五日，于成龙入宫陛见皇帝。
康熙皇帝安排得很周到，知道于成龙年迈，步行入宫不方便，就命侍卫在午门外设下座位，传旨说：“巡抚年老不胜步，宜少坐。”请于成龙坐下休息片刻，再进紫禁城。入宫后，三拜九叩的君臣大礼完毕，康熙皇帝就命太监给于成龙赐座赐茶，从容谈话。
于成龙这年虚岁六十五，康熙皇帝虚岁二十八，其实和于成龙的幼子于廷元一般年纪。他们两人的缘分很有意思：顺治十八年（公元1661年），康熙皇帝即位，于成龙进京掣签，赴罗城上任；康熙六年，皇帝亲政，于成龙调任到合州；康熙八年，皇帝擒拿鳌拜，真正掌握政权，于成龙调任黄州府同知。等到“三藩之乱”进入尾声，天下太平在即，于成龙已经是皇帝最器重的封疆大吏了。
康熙皇帝对于成龙的了解其实挺多的，见面就说：
尔为今时清官第一，朕所深知。
康熙皇帝尤其感兴趣的是于成龙在黄州单骑入虎穴、招抚刘君孚的事情，于成龙的回答十分得体：“微臣只是宣布皇上的威德，并没有其他的本事。”
这话皇上听了，当然喜欢。当时于成龙和张朝珍密谋了许多计策，招抚刘君孚时还有许多“便宜行事”的地方，也耍过一些手腕，这些话自然不能跟皇帝都讲出来。
康熙皇帝又问：“你属下还有哪些清官？”
于成龙说：“知县谢锡衮、同知何玉如比较清廉。”
康熙皇帝又说：“上次你参劾知县赵履谦，办事非常得当。”
于成龙说：“赵履谦过而不改，微臣实在不得已才参劾他。”
康熙皇帝郑重嘱咐道：
为政之道，当知大体，小聪小察，不足为多。且人贵始终一节，尔其勉之！
康熙皇帝的意思是，你现在做了封疆大吏，以前那种“小聪小察”的智慧就不值得提倡了，而应该学会驾驭全局，把握宏观，不要在具体小事上过于分心。最后一句，则是勉励于成龙，要坚持自己的清廉作风。
两人座谈了一会儿，到了开饭时间，康熙皇帝命太监撤下几道御膳，赐给于成龙吃。吃完饭，于成龙就谢恩告辞了。