抗日战争时期，是方山县党组织的创建时期，也是方山县党组织在艰难困苦的环境中坚持斗争，逐步恢复和发展的时期。
1936年春，徐海东和刘志丹率领的中国工农红军抗日先锋军红十五军团和红二十八军东征，途经方山21个村庄，宣传了党的抗日救国主张，扩大了中国共产党的政治影响。
1936年底，山西省牺牲救国同盟会（简称“牺盟总会”）派第一批村政协助员到达方山，广泛宣传牺盟总会的抗日救国主张，发动群众抗日救亡，积极发展牺盟会会员，建立牺盟会组织，为方山党组织的创建和抗日救亡运动的蓬勃开展奠定了良好基础。
1937年8月，省牺盟总会委派白云清为方山县牺盟特派员。9月，建立了方山县牺盟分会。与此同时，成立了方山县动委会。太原失守以后，为发动全民抗战，创建晋西北抗日根据地。11月中旬，中共山西省委委托省战动总会武装部长程子华派遣共产党员旷伏兆以八路军和牺盟特派员的公开身份（实际为中共方山县委书记）到方山开辟党的工作。旷伏兆到达方山后，动员县城（今方山村）省立第二贫民高小师生中的积极分子和他一道深入乡村各阶层，宣传中国共产党抗日救国主张，发展民众参加抗战。同年 12月，组建了200余人的方山县第一支抗日武装——方山县人民武装自卫队，这时上级党组织和牺盟总会派来了胡成奎、黄志恒、李钦夫等许多干部来到方山县，其中胡成奎、黄志恒分别任自卫队的队长和指导员，李钦夫任牺盟特派员。120师教导团政治连在方山县城建立了兵站，设立了办事处。旷伏兆与他们密切配合，在打富济贫、摊派合理负担、收容溃兵、稳定社会秩序的同时，加紧物色和培养了一批积极分子，秘密发展为中国共产党党员。
1937年11月底，赵保明加入中国共产党，为方山县第一个党员。后又有李钦夫、黄志恒、胡献元、胡成奎等5人加入中国共产党。
1938年1月建立了方山县第一个党支部——峪口党支部。2月，中共晋西北省委决定成立中共方山县委。同时建立了牺盟会支部（县委机关支部）和马坊支部。此时，中共方山县委下属3个支部。同年5月建立了一区（马坊）、二区（圪洞）、三区（峪口）3个中共区委，各区分别成立了牺盟会、并在圪洞、糜家塔、高家庄、横泉、赤坚岭、代坡、温家庄等地成立了7个党支部。中共方山县委隶属中共临县中心县委领导。全县10个党支部，党员发展到50余人。
1938年下半年，方山县工、农、青、妇各抗日救国联合会相继成立。1939年春，中共方山县委隶属中共临县地委领导。
1939年初夏，县委发动全县人民，连续向阎锡山县政府进行了三次大请愿，要求贯彻“抗日救国十大纲领”。秋季，方山县动委会撤销。
1939年12月，在“晋西事变”中，新军决死四纵队、暂一师与赵承绶的骑一军在赤坚岭、马坊等地激战三天，最后阎军全部向临县榆林沟方向溃逃。从此，方山县境内结束了两种政权、两种军队并存的局面，成为共产党统一领导下的抗日根据地。
1938年至1939年，是方山县党的组织大发展时期，截至1939年底，全县党员发展到270多人。
1940年1月，反顽斗争胜利后，成立了方山县抗日民主政府，隶属晋西北第四专署领导。同时，建立了一区（马坊）、二区（圪洞）、三区（峪口）3个区政府及村级政权组织，健全了各级抗日群众团体，扩大了抗日武装，壮大了人民抗日力量。各级党、政、群团组织，积极动员青年参军参战、站岗放哨、送情报，人民群众积极送军粮军鞋，支持抗日。四大动员中，方山县为抗日军队献金、献粮、征兵、做军鞋，曾受到中共临县地委的表彰。1940年4月以后，中共方山县委隶属中共晋西四地委领导。1940年6月，方山县牺盟分会撤销后，同时成立了方山县抗联，负责领导工、农、青、妇各救会的工作。
1940年，日军先后对方山进行了四次残酷的大扫荡。到1941年11月，日军采用蚕食占领、堡垒推进的战术，先后在离岚公路沿线的峪口、横泉、圪洞、津良庄、胡堡、方山、马坊、开府、赤坚岭设立9个据点，侵占了方山大川。为积蓄抗日力量，中共方山县委、县政府及其下辖区委、区政府转移到西山地区开展游击活动，糜家塔、高家庄、代坡、温家庄4个党支部基本停止活动，三区区委所属党员由敌占前的100人减少到6人，一些党员和党组织失去了联系，有的自行脱党，方山党的活动处于低潮。
1942年1月，为有效地开展对敌斗争，中共晋西区党委、晋西北行署决定三区（峪口）区委、区政府归中共离东县委、县政府领导，同时将岚县三区（普明）区委、区政府改属中共方山县委、县政府领导，称岚三区。同年春，为壮大抗日力量，扩大抗日根据地，中共方山县委从思想、组织、军事等方面对游击大队进行了三个多月的整训，通过整训，游击队员坚定了抗战必胜的信心，提高了军事素质，增强了游击队的战斗力。
1942年冬，根据党中央政治局“九一”决定精神，中共方山县委实行了党的一元化领导，加强了党的建设和对敌斗争的统一领导，全面开展了抗敌斗争。晋绥第三军分区第十八大队和三五八旅七一六团的一个支队来到方山，加强了对敌斗争的力量。方山县党、政、军、群各级领导转移回东山，坚持村不离村、区不离区、县不离县的方针，实行坚壁清野，运用地雷战、伏击战、断粮缺水等多种斗争形式，打击敌人，孤立围困敌伪据点，使敌人没有立足之地，敌占区逐渐成为游击区，游击区成为根据地。同年12月，晋绥边区实行精兵简政，中共晋绥三、四地委和三、四专署分别合并为中共晋绥三地委和三专署，中共方山县委、县政府隶属三地委、三专署领导，同时也实行了精减。方山县工、农、青、妇各救会并入抗联，分别成为县抗联领导下的一个工作部。
1943年5月，方山县游击大队在敌伪疯狂的扫荡中，几经转战，遭受重挫，县委被迫于9月转移到西山。12月，为便于工作，中共晋绥三地委、晋绥三专署决定，二区（圪洞）区委、区政府改属中共离东县委、县政府领导，中共方山县委、县政府辖方一区（马坊）和岚三区（普明）2个区委、区政府。年底，方山县区级以上干部在临县开化村参加了中共晋绥三地委组织的整风学习。
1944年4月，晋绥三地委整风结束。鉴于方山县大部分区域被日军占领，方山各项工作难以开展的实际情况，晋绥边区行政公署决定，撤销方山县建制。中共方山县委、方山县抗日民主政府随之撤销，方山县一区区委、区政府归中共临县县委、县政府领导，岚三区区委、区政府归岚县县委、县政府领导，方山县游击大队编入临县游击大队，但仍活动在方山至赤坚岭西山一线。
方山县建制撤销后，晋绥第三军分区给方山派来一支武工队，并在方山县成立了三分区东线对敌斗争委员会。在当地党组织的配合下，他们依靠人民群众大搞地雷战、游击战，瓦解、削弱、围困、孤立敌伪据点，迅速扩大了方山根据地。
1944年9月，连克马坊、胡堡、开府等据点，并控制了离岚公路交通要道。
1945年2月，展开春季攻势，先后攻破并收复了峪口、横泉、方山、赤坚岭、津良庄、圪洞等日伪据点。糜家塔、高家庄、代坡、温家庄的4个党支部恢复活动。
1945年3月，方山全境解放后，晋绥边区行政公署决定恢复方山县建制，成立了中共方山县委（对外称方山县教育处），下设3个中共区委。同时，建立了相应的县、区政权、军事、群团领导机构，配齐了各级干部。5月，全县党员达232人。8月，中共方山县委下属3个中共区委，19个党支部。全县仅农村党员就发展到237人。
1945年8月，抗日战争胜利后，中共方山县委先后隶属中共晋绥三地委、中共离石地委、中共离石中心县委领导。
解放战争时期，方山县属于巩固的解放区。全县人民在中共方山县委的领导下，积极开展工农业生产、支援前线，为吕梁、晋中、太原等地的解放做出了应有的贡献。
据统计，方山县先后有五批共1570余名民兵、民工支前参战，其中党员占11.2%，支援了汾（阳）孝（义）、晋中、太原等战役。尽管在土改运动中，出现“左”的偏向，致使方山县党组织的工作一度遭受挫折，但中共方山县委根据中共中央关于土改纠偏的指示，及时进行了纠偏，使土改工作迈上了正确的轨道。期间，中共方山县委结合土地改革开展了以查阶级、查工作、查斗志和整顿组织、整顿思想、整顿作风为主要内容的整党运动，全县各级党组织分四期进行了整党建党。经过整党，纯洁了各级党组织，进一步壮大了党的队伍，提高了党员的思想觉悟，增强了党组织的战斗力，密切了党和群众的联系。到1948年秋，全县新发展党员80人，党员总数由土改前的724人增加到804人。
1949年9月，中共山西省委、山西省人民政府成立后，对全省党组织和行政区划进行了调整，成立中共兴县地委、兴县专署，中共方山县委、方山县政府分别改属中共兴县地委和兴县专署领导。中共方山县委仍下属3个中共区委，基层党支部由1946年的23个发展到26个，中共党员由解放战争初期的237人发展到1264人，占全县总人口的3.1%。
1949年10月，中华人民共和国成立，方山县进入了一个新的历史时期。